Nel 2008 la sua carriera di attivista anti corruzione tramite blog online, diventando un aspro critico del governo e di Vladimir Putin.
Nel 2011 ha fondato il Partito Democratico del Progresso, di ispirazione nazional-democratica e liberale e contro la corruzione del governo. Cambia nome nel 2018, diventando Russia del Futuro.
Nel 2013 è arrivato secondo alle elezioni per il sindaco di Mosca.
Nel 2014 si oppone all’annessione della Crimea da parte della Russia.
Durante un viaggio in Siberia nell’agosto 2020 viene ricoverato in gravi condizioni per sospetto avvelenamento. Due giorni dopo il ricovero, in seguito alla richiesta della cancelliera tedesca Merkel e del presidente francese Macron, Navalny viene trasferito in una clinica a Berlino. A settembre il governo tedesco ha confermato l’avvelenamento tramite Novichok, sostanza già utilizzata in passato dai servizi di sicurezza russi in alcune operazioni. A dicembre un’indagine giornalistica fatta da diverse testate ha confermato il coinvolgimento di agenti del servizio di sicurezza federale russo (FSB).
Appena rientrato in Russia, il 17 gennaio 2021, Navalny viene arrestato in seguito a violazioni legate ad alcuni procedimenti legali passati. Era già stato arrestato diverse volte in seguito a proteste contro la corruzione.
Il 2 febbraio è stato condannato a due anni e otto mesi di carcere.
È sposato con Julija Navalnaja e ha due figli.